设置市舶提举司。至元十五年（1278年）：福建全境入元版图。元朝统一中国后，施行行省制度。中央设置中书省，作为全国最高的行政机构；地方设置行中书省（简称行省或省），作为地方政权机构，行省下设路、府、州、县。升泉州为泉州路总管府，领南安、**、同安、永春、安溪、德化、惠安七县及南、北二录事司（以领在城之民）；翌年，南北二录事司合而为一。至元十九年（公元1282年），元廷令各路府、州、县设儒学教授、学正、教谕。泉州路总管府儒学设教授、学正、学录各1员，训导6员；县学设教谕1员、训导2员。至元二十一年（公元1284年）二月，再设泉州行省。至元二十一年九月，泉州行省并入江淮行省。至元二十九年复设福建行省。至元二十六年（公元1289年），泉州路始设阴阳学，依儒学、医学之例，路设教授、学正各1人，县设训术1人，教授天文、历算、周易、数学。至元二十七年前后，开始在澎湖设立巡检司，管辖澎湖、台湾等岛屿，隶属泉州路同安县。当时澎湖列岛有居民1600余人，贸易至者岁常数十艘，有“泉州外府”之称。大德元年（公元1297年），为图琉求（今台湾），改福建行省为福建平海行中书省，遂徙治泉州，辖诸州。大德三年二月罢，置福建宣慰司都元帅府，移治福州。大德二年（公元1298年），改泉州路总管府为泉宁府。大德三年（公元1299年），复为泉州路，隶属江浙行省。皇庆二年（1313年），兴化县治由游洋迁至汀溪（今莆田新县）。民间称前者为旧县（今仙游古邑），后者为新县。延佑七年（公元1320年），泉州设都转运盐分司，直属户部，专掌场灶榷办盐货及批验盐商引目等事。至治年间（1321～1323年），福建境内设八个路，均归江浙行中书省管辖。兴化路下领莆田、仙游、兴化三县。至正十六年（1356年），撤福建路，成立福建省，此为福建设省的开始。至正十七年（1357年),亦思巴奚战争至正十六年（1356年），复立福建行中书省，泉州路隶之。至正十八年（1358年），设立泉州分省。至正二十七年（公元1367年）十二月，吴王朱元璋命左御使大夫汤和、中书平章廖永忠率领舟师2万人从明州（今浙江宁波）航海攻克福州。汤和遣元降官原福建行省参政袁仁招谕兴化、漳、泉诸路。明洪武元年（1368年），朱元璋称帝，国号“明”。二月，泉州路降于明。泉州置卫指挥使司，领左、右、中、前、后五千户所，隶福建都指挥使司。这是明朝在泉州设置的第一批海防军卫所。洪武二年（公元1369年），福建全省八路先后改为福州、建宁、延平、邵武、兴化、泉州、漳州、汀州八府。改泉州路为泉州府，隶福建行中书省；罢录事司。泉州府仍领**、南安、同安、惠安、安溪、永春、德化七县。洪武三年（1370年），明廷在泉州设立福建市舶司，管理对琉球（今台湾）的贸易。洪武七年（1374年）正月，罢福建（泉州）市舶司，严海禁以防倭寇。泉州官方海外通商贸易基本停止。洪武九年（1376年）：废除行中书省机构，各省分别设立承宣布政使司、提刑按察司和都指挥使司等“三司”，以掌行政、司法、军政大权，并直属中央。布政使司下领府、州、县。改福建行中书省为福建承宣布政使司，泉州府隶之。洪武十七年（1384年），明廷实行防倭封海，废澎湖巡检司。洪武二十年（1387年）明廷命江夏侯周德兴到福建沿海福、兴、漳、泉四府经略海防。改永宁寨为永宁卫，于浯洲置金门守御千户所，另筑峰上、田浦、官澳、陈坑、烈屿、祥芝等处巡检司，屯兵驻守，以备倭寇。祥芝巡检司并造司城，周一百五十丈，高二丈，寓铺六，有南北二门。始筑厦门城。至洪武三十一年，在泉州沿海先后增设：永宁卫，福全、崇武、中左、金门、高浦5个守御千户所，巡检司45个，筑卫所司城16座，以加强海防。清清承明制，全国分为十五省，实行省、府(州、厅)、县三级制。泉州府为闽八府之一。雍正十二年(公元1734年)，永春升为直隶州，德化归其所辖。泉州府辖**、惠安、南安、安溪、同安五县。清设兴泉永道，辖泉州府、莆田县、仙游县、永春直隶州和厦门。民国民国元年(公元1912年)，废州府，复县设道。泉州初归厦门道，后属泉州道。民国十六年(公元1927年)，废道，设行政督察专员公署，泉州划为第四行政督察专员公署，辖**、南安、安溪、永春、莆田、仙游、惠安、金门(待统一)八县。民国二十二年(1933年)闽变后成立兴泉省，辖莆田泉州，设省政府于泉州，不久即废，后改为第五行政督察专员公署，但辖县不变，直至解放。中华人民共和国泉州于1949年9月1日解放（尚有金门县待统一），并于9月9日设福建省第五行政督察区，辖县依旧，辖**、惠安、同安、莆田、仙游、安溪、永春、金门(待统一)，政区依旧。同年12月，德化县归之。1950年3月改称福建省泉州行政督察专员公署，德化归永安专区；9月改为**区行政督察专员公署，政区依旧；10月德化复归所辖。1951年1月划**县城关和近